Gram-pozitivni mikoorganizmi

Najčešći su stafilokoke i streptokoke.

Čest je nalaz stafilococcus aureus  koji se unosi u bešiku kroz kateter, zatim  stafilococcus albus, koji prodire iz spoljne sredine.

Sterptokoke i enterokoke prodiru iz fekalne sredine,  zagađuju perineum, prelaze preko vagine ka uretri.

Pneumokok je redak nalaz.

Gram-negativni mikroorganizmi 

U prvom redu je grupa coli bakterija-Escherihia coli. Ova grupa ima najviše slojeva od kojih su samo neki patogeni za urinarnu sredinu.

Posle Escherihia coli najčešći je Proteus sa 4 podvrste (Proteus rettegri, vulgaris, mirabilis, morganii). Grupa Proteus-a raste posle duže upotrebe antibiotika i postaje često vrlo rezistentna na mnoge, čak i sve antibiotike.

Pseudomonas je ređi uzročnik urinarnih infekcija. Čini deo klica hospitalne infekcije. Kada se razvija na koži oko urinarnih rana, daje zelenu boju oko rane i na zavoju. Česzo je vrlo rezistentan.

Grupa  Klebsiella (Klebsiella, Enterobacter, Serratia) nekada je bila retka u urinokulturi, ali poslednjih decenija postala češća i javlja se posle upotrebe antibiotika i često postaje jako rezistentna.