Osteoporoza - dugotrajam manjak estrogena izaziva gubitak mineralne gustine kostiju, osteoporozu i povećanu sklonost prelomima. Oko pedesete godine, u doba nastupa menopauze i manjka estrogena, kost se preoblikuje i veći je gubitak njenog svojstva nego izgradnja. Godišnje se može izgubiti čak i do pet posto koštane mase u prvih nekoliko godina nakon menopuze. Osteoporoza se može javiti već nakon deset godina, zavisno o individualnoj koštanoj masi i periodu menopauze. Osteoporoza je veliki javnozdravstveni problem na koji otpadaju veliki troškovi. Nakon preloma kuka, dvadeset do trideset posto žena umire u prvih šest meseci, često ne napuštajući bolnicu; mnoge koje prežive trajni su invalidi. Prelomi pršljenova su češći nego prelomi kuka i na njih otpada polovina svih osteoporotičnih preloma. Ovi su prelomi odgovorni za gubitak visine, dugotrajnu bol u leđima i kifozu (leđnu grbu). Ukoliko je žena pod rizikom od razvoja osteoporoze, preporučuje se merenje mineralne gustine kostiju. Redovnom estrogenskom terapijom može sprečiti brz gubitak koštanog kalcijuma, poboljšati snagu i savitljivost kostiju i sprečiti ili odložiti nastanak preloma, iako to više nije prvi lek izbora za sprečavanje osteoporoze. Nekoliko drugih terapijskih rešenja, kao što su bisfosfonati i raloksifen vrlo su učinkoviti.

Bolesti srca i krvnih sudova - kardiovaskularne bolesti, uključujući koronarnu bolest srca i srčani infarkt, glavni su uzrok smrti žena. Učestalost srčanog infarkta, iako niža nego kod muškaraca, dramatično se povećava nakon menopauze. Rizik od kardiovaskularne bolesti među postmenopauzalnim je ženama jednaka riziku muškaraca. Hirurški uzrokovana menopauza (odstranjenje jajnika) ili prevremena disfunkcija jajnika dovode do viška kardiovaskularnih bolesti kod žena, osim kod onih koji nastaju u prirodnoj postmenopauzi. Rana prirodna menopauza takođe povećava rizik od bolesti srca i krvnih sudova; na ovo verovatno utiče činjenica da većina žena koje ranije uđu u menopauzu konzumira cigarete. Usprkos nekim istraživanjima koja navode zaštitni uticaj estrogenske terapije, sve studije nisu ovo potvrdile; estrogensko-progesteronska terapija nije pokazala zaštitni učinak već i potencijalne negativne posedice.

Demencija -  Estrogenska terapija kod postmenopauzalnih žena može sprečiti ili odložiti nastup demencije. Istraživanja su dosad pokazala kako ova terapija dovodi i do trideset postotnog smanjenja učestalosti Alzheimerove bolesti ili bar neutralan efekat, a nijedna studija nije pokzala negativan uticaj u razvoju demencije. Slabljenje spoznajnih funkcija postmenopauzalnih žena može odražavati koncentraciju estrogena u telu. Potencijalni mehanizam kojim bi estrogenska terapija mogla sprečiti slabljenje spoznajnih funkcija jeste povećanje protoka krvi u mozgu. Iako postoje potencijalni biološki mehanizmi kojima bi se moglo objasniti smanjenje rizika od demencije ili ublažavanje njenog stupnja izazvano estrogenskom terapijom, potrebno je još napora da bi smo više saznali o ovom problemu.