Menopauza je rezultat genetski programiranog gubitka folikula jajnika (predstadijuma jajnih ćelija). Obično nastupa oko pedesete godine. Menopauza nakon pedeset i pet godina života jeste kasna menopauza. Za razliku od doba kad se pojavljuje prva menstruacija (menarha) i na koju utiču prehrana i opšte zdravlje, vreme nastupanja menopauze nije se promenila od drevnih vremena. Nasledne razlike gena za estrogenski receptor (receptor je struktura na ćeliji koja omogućuje delovanje hormona unutar ćelije) verovatno su jedna od odrednica koje utiču na vreme menopauze. Menopauza nastupa prosečno dve godine ranije kod žena koje puše. Raniju menopauzu imaju i žene koje nikad nisu imale decu i one s pravilnijim menstrualnim ciklusima.  Drugi važni činioci su:

- porodična anamneza rane menopauze

- osobe obolele od dijabetesa tipa I

- konzumiranje galaktoze

- različiti oblici enzima galaktoza-I-fosfat uridil transferaze

- kraće trajanje ciklusa tokom adolescencije 

Žene se rađaju s određenim brojem folikula jajnih želija i njihov se broj polako, ali sigurno smanjuje tokom života. Nestanak folikula verovatno je rezultat programirane smrti ćelija (apoptoza). Ova je hipoteza potvrđena istraživanjima na miševima.Menstruacije prestaju i proizvodnja hormona estrogena u jajnicima se smanjuje s prestankom folikularne aktivnosti jajnika. Rastu koncentracije hormona gonadotropina u krvnom serumu, FSH raste više nego LH, verovatno zbog nedostatka povratne sprege hormona iz jajnika. Jajnici nastavljaju izlučivati hormone androgene zbog visoke serumske koncentracije LH. Glavni izvor estrogena u menopauzi je estron koji nastaje iz androstendiona u perifernim tkivima. Estron je slabiji od estradiola, oblika estrogena koji se izlučuje iz jajnika pre menopauze. Količina perifernog stvaranja estrona može delimično odrediti potrebu za nadoknadom estrogena. Tri četvrtine žena osećaju napade vrućine  u ranoj menopauzi i očito imaju manjak estrogena. Ovaj skup žena ima rizik od razvoja kratkoročnih i dugoročnih posledica manjka estrogena stoga bi im  estrogenska terapija itekako pomogla. Jedna četvrtina žena nema napade vrućine niti druge simptome manjka estrogena, verovatno zbog povećanog stvaranja estrogena u perifernim tkivima. Ove žene će se sigurno dobro osećati i bez hormonske  terapije, međutim s vremenom im se povećava rizik od hiperplazije i karcinoma endometrijuma. Stoga im se preporučuje jednom godišnje ultrazvučno merenje debljine endometrijuma i biopsija ako je endometrijum deblji od četiri milimetra